Israel menuduh Rumah Sakit Indonesia menjadi tempat perlindungan kelompok Hamas di Jalur Gaza. Pemerintah Israel, di bawah pimpinan PM Benjamin Netanyahu, mengklaim bahwa rumah sakit tersebut digunakan otoritas Hamas untuk menyembunyikan markas operasionalnya di bawah tanah. Namun, RS Indonesia membantah tuduhan tersebut, demikian juga dengan RS al-Shifa dan RS Sheikh Hamad yang didanai oleh Qatar.
Sarbini Abdul Murad, Ketua MER-C, mengatakan bahwa rumah sakit ini dibangun untuk membantu warga Gaza sesuai dengan kebutuhan mereka. Dia juga menegaskan bahwa tuduhan Israel hanya merupakan prasyarat agar mereka dapat menyerang rumah sakit Indonesia di Gaza.
Sebelumnya, juru bicara militer Israel, Brigjen Daniel Hagari, mengklaim bahwa markas Hamas berada di bawah sejumlah rumah sakit di Gaza, termasuk RS Indonesia di Gaza bagian utara. Dia juga membandingkan citra satelit area rumah sakit sejak 2010 yang menunjukkan adanya pos Hamas di sekitarnya. Dia berpendapat bahwa Hamas secara sistematis menggunakan rumah sakit sebagai tempat operasional mereka dan juga sebagai perisai dalam menghadapi serangan udara Israel.
Namun, pejabat MER-C membantah tuduhan tersebut. Mereka mengatakan bahwa tidak ada terowongan di bawah rumah sakit, dan bahan bakar serta generator listriknya disimpan di gedung terpisah untuk keamanan.
RS Indonesia adalah satu-satunya rumah sakit operasional yang tersisa di bagian utara Gaza. Kekurangan pasokan medis dan bahan bakar memaksa rumah sakit tersebut untuk bekerja melebihi kapasitasnya, mengingat banyaknya jumlah korban luka.
