Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia sejak kelas tiga. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas top Amerika, meskipun prestasinya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Kediaman kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, pindah akibat perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno terkait Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Terutama, saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
